Avant tout, il faut déterminer s’il s’agit de travaux ou ouvrages soumis à autorisation ou à déclaration. La « Nomenclature loi sur l'eau » (tableau de l’article R. 214-1 du Code de l’environnement) liste les opérations qui, en fonction de leur incidence sur les milieux aquatiques relèvent de la déclaration ou de l’autorisation.

Un même projet peut relever de plusieurs rubriques : il faudra retenir le régime le plus restrictif, à savoir l’autorisation.

Il faut également prendre en compte la politique d’opposition à déclaration en vigueur dans le département concerné et se confirmer aux prescriptions du règlement du SAGE. Dans tous les cas, il convient de s’adresser au service de Police de l’eau pour obtenir toutes les informations sur les droits et devoirs en matière de travaux sur les cours d’eau. Ensuite, il faut monter un dossier devant comporter les pièces mentionnées à l'article R.214-32 du Code de l'environnement. Celui-ci devra être envoyé en 3 exemplaires à la DDTM concernée (62 boulevard de Belfort à LILLE).

Le montage du dossier n'étant pas aisé, il est souvent nécessaire de recourir à un bureau d'études spécialisé.